面对电子乌贼的大潮,人类城市危在旦夕,莫斐斯和三一欲与入侵者决一死战。此时救世主Neo的身体和心灵意外分离,后者再次落入母体。 莫斐斯和崔妮蒂也不得不把尼奥的尸体带回母亲身边,和守护天使一起寻找他。 一战后守护天使,病毒双胞胎等。都被杀了,但是尼欧在找到先知后一无所获...锡安的局势变得越来越危险,议员和指挥官接连被杀,但机器的攻击并没有因为人类的抵抗而减弱。 此时,被叛徒射瞎的尼奥仍想通过希望实现自己的预言。 这时,特工史密斯控制了先知,变得越来越强大,威胁着整个母亲的稳定。 在返回锡安的途中,飞船被电子乌贼突袭,三位一体死亡,重伤的尼奥被带到机器城01。 在与机器的谈判中,尼奥承诺为了人类和机器的共同利益,毁灭史密斯。 因此,矩阵面临着翻天覆地的过载...