卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德饰)在死刑执行前醒来,发现他被索菲亚(玛丽昂·歌迪亚饰)选中去参加一个可以将人类从暴力冲动中解放出来的项目。虚拟现实机器Animus可以让用户体验祖先的记忆。被绑在机器上后,卡勒姆·林奇意识到他是阿奎莱拉的后代,阿奎莱拉是一个生活在西班牙宗教裁判所的刺客。他们在伊甸园里寻找可以控制他们自由意志的苹果。 在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯饰)的压力下,索菲亚无奈地操纵卡勒姆·林奇回到过去,在现代世界寻找伊甸园苹果的下落,威胁着他的身心健康。 然而,在杀手同伴穆萨(迈克尔·威廉姆斯饰)暗示卡勒姆·林奇并提醒他艾伦可能有不纯洁的动机后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,人类自由意志的命运变得未定...