在第二集中,Neo(基努·李维斯)没能破坏内部的“母体”。他的身体在现实世界的飞船上处于昏迷状态,但他的思想被困在“母体”和现实世界之间的中间地带。这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩饰)和崔妮蒂(凯莉·安妮·莫斯饰)以及其他人都知道尼奥的情况。在守护天使的指引下,找到了“火车人”梅罗维奇的控制者,经过一番基质救出了尼奥。此时,电子乌贼部队对锡安发动了猛烈的攻击,人类组织中的所有机甲展开了顽强的抵抗,形势岌岌可危;尼奥和三一驾驶飞船克服重重困难,到达了机器城。尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器皇帝”,并通过谈判达成协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,换取锡安的和平。在《黑客帝国》中,尼奥和史密斯展开了一场关乎人类生死的最终决斗。